Tách biệt giáo hội và chính phủ là một nguyên tắc của chính trị học hiện đại, nó được khởi xướng và bắt nguồn từ cuộc vận động cải cách tôn giáo ở châu Âu. Sự phản tỉnh đầu tiên về cải cách tôn giáo do Martin Luther và Jean Calvin lãnh đạo chính là chân lí của Cơ Đốc giáo, do đó mà mang đến sự xét lại về ranh giới giữa quyền lực chính phủ (tức vương quyền thế tục) và quyền lực giáo hội, vì vậy đã có chủ trương cái gọi là "tách biệt giáo hội và chính phủ", dù trên thực tế, những quốc gia có Tân giáo Cơ Đốc độc lập khỏi giáo hội Công giáo chỉ là quốc gia "hợp nhất tôn giáo và nhà nước" mà không chịu sự kiểm soát của toà thánh, giáo hội đã đóng vai trò thống trị nhất định trong việc phối hợp với quyền lực quân chủ ngày càng độc đoán, chuyên quyền, tông phái Tân giáo do Martin Luther và Jean Calvin lãnh đạo đã thay thế Thiên Chúa giáo trở thành quốc giáo ở những nước đó, ví dụ Anh giáo ở Anh Quốc, giáo hội Tín nghĩa dòng Luther ở Đức, giáo hội Cải cách dòng Calvin ở Thuỵ Sĩ. Ngoài ra, Đông chính giáo cũng nối tiếp là quốc giáo của đế quốc Nga, Hồi giáo là quốc giáo của đế quốc Ottoman.

Về mặt khái niệm, "chính" trong "hợp nhất chính giáo" và "phân li chính giáo" là chỉ chính phủ; "giáo" là chỉ giáo hội. Chính phủ là cơ quan nhà nước trực tiếp phụ trách và quản trị xã hội. Giáo hội là chỉ tổ chức tôn giáo đứng đầu quản lí tín đồ của một tín ngưỡng tôn giáo. Chính phủ không ngang bằng với "chính trị", đồng dạng tổ chức tôn giáo cũng không ngang bằng với "tôn giáo". "Chính trị" nghĩa rộng là chỉ tất cả công việc có liên quan đến quản lí xã hội; nghĩa hẹp là chỉ công việc chế định chính sách để quản trị xã hội của chính phủ. Giáo hội không ngang bằng với tôn giáo, cũng không ngang bằng với lãnh tụ tôn giáo và người giữ gìn tín ngưỡng tôn giáo. Có một số tôn giáo không có giáo hội, cũng không có người giữ gìn tín ngưỡng tôn giáo thì không thuộc về giáo hội hoặc không đại biểu giáo hội.[1]

Hoa Kỳ là quốc gia cộng hoà thế tục đầu tiên quy định rõ ràng phân li chính giáo trong hiến pháp, trong "Tu chính án thứ nhất Hiến pháp Hoa Kỳ" bắt đầu thực thi vào năm 1791 quy định thành văn rõ ràng: "Quốc hội không được chế định pháp luật liên quan đến việc thiết lập quốc giáo hoặc cấm chỉ tự do tôn giáo".[2]

Sau đại cách mạng Pháp năm 1789, Tuyên ngôn Nhân quyền và Dân quyền nước Pháp do Pháp thông qua cũng bao gồm phân li chính giáo, sau đó chính quyền Cộng hoà cách mạng một lần cấm chỉ hoạt động của Thiên Chúa giáo, và tiến hành đổi sang lịch cộng hoà, sau đó Napoléon I khôi phục địa vị quốc giáo của Thiên Chúa giáo, mãi đến năm 1905 nước Pháp mới hoàn thành thực hành phân li chính giáo, đem tôn giáo loại bỏ ra khỏi các lĩnh vực công.

Xu thế của xã hội hiện đại là phát triển theo chiều hướng chủ nghĩa thế tục, nghĩa là chính phủ không thừa nhận cũng không thiết lập quốc giáo, giáo hội cũng không được hưởng đặc huệ và đặc quyền lúc chính phủ thực thi việc chính trị. Thế lực tông giáo và chính trị không can thiệp lẫn nhau, các quyết định của chính trị không bị thế lực tông giáo ảnh hưởng. Phân li chính giáo có sự giúp đỡ mức độ nhất định đối với việc bảo vệ tự do tôn giáo, đảm bảo tôn giáo khác nhau có thể có không gian tự do tín ngưỡng, đồng thời không bị chính phủ can thiệp. Nhưng mà không ít các nước trên thế giới vẫn có chính đảng đậm đặc bối cảnh của tôn giáo, bất luận là Phật giáo, Cơ Đốc giáo, Hồi giáo, v.v Tổ chức tôn giáo vẫn có sức ảnh hưởng đối với chính phủ, không ít nhân vật chính trị cũng có quan hệ với đoàn thể tôn giáo ở mức độ nhất định. Đoàn thể tôn giáo vẫn ảnh hưởng hết sức lên chính phủ, chính phủ cũng sẽ phóng khoáng hoặc miễn trừ thuế vụ đối với tổ chức tôn giáo (thí dụ như các khoản tiền dâng cúng mà giáo hội thu lấy không dùng để nộp lên chính phủ), dù cho sẽ dùng công quỹ đi tài trợ đoàn thể tôn giáo để lập trường học, tổ chức tôn giáo cũng nối theo đưa ra các dịch vụ phúc lợi xã hội như y tế và giáo dục, một phần cũng được sự tài trợ của chính phủ. Tại Hoa Kỳ - quốc gia đầu tiên nhất thực hành phân li chính giáo, sức ảnh hưởng của tổ chức tôn giáo không hơn không kém so với các nước phát triển khác ở châu Âu và châu Mĩ, các nước như Canada, Úc, Brazil, Argentina, Philippines, Hàn Quốc, v.v thực hành phân li chính giáo lúc lập quốc, dù có sức ảnh hưởng tôn giáo rất lớn so với châu Âu.